El MUPE cuenta entre sus fondos con algunos de los ejemplares de dinosaurios y fósiles más destacados del mundo. Cuenta con más de 60.000 ejemplares fósiles, 7.000 minerales o 5.000 moluscos.
De entre las piezas expuestas destacan varias vértebras del dinosaurio 'Spinophorosaurus nigerensis', una especie única en el mundo cuyos restos fueron descubiertos en 2007 en una expedición científica al desierto de Teneré en Níger.
Además, contiene en sus fondos el ámbar más antiguo de Europa, los primeros restos de tortuga de la península ibérica o la réplica de un cangrejo de herradura de hace 145 millones de años junto a un ejemplar actual de la misma familia.
Su apuesta por acercar la paleontología a la sociedad a través de un actividades adaptadas a todos los públicos, ha sido el motivo por el que el MUPE ha sido incluid recientemente en el plan denominado Museos+Sociales del Ministerio de Educación, Cultura.
